Das MOMU bietet eine vollwertige, das heißt zu allen Studien berechtigende Matura wie jedes andere Gymnasium, ohne dabei die Schülerinnen und Schüler mit zu vielen Wochenstunden zu belasten. Der Lehrplan ist so gestaltet, dass auf Musikkunde und das gemeinsame praktische Musizieren besonderer Wert gelegt wird. Selbstverständlich wird ab der 1. Klasse Englisch gelehrt, in der Oberstufe kann zwischen Latein, Französisch, Spanisch und Italienisch gewählt werden.

Die eigentliche Instrumentalausbildung erhalten die Schülerinnen und Schüler nicht an der Schule, sondern am Mozarteum, am Musikum oder durch qualifizierten Privatunterricht. Mit beiden genannten aus dem Kulturleben Salzburgs nicht wegzudenkenden Institutionen gibt es eine enge Zusammenarbeit.